长期以来，台军把特种作战视为“决战境外”的重要作战方式，对特种作战给予厚望。同时认为，特种作战行动涉及政治、经济、文化、宗教等一系列战略范畴的问题，直接关系到台湾的“根本利益”；特种作战任务大多具有高度的政治敏感性和生命危险性，战场环境、作战对手、任务性质、作战目的及作战手段都具有特殊性。所以，台军在对待特种作战行动上极为慎重，特种作战的目的、时间、兵力、规模、强度均由最高当局决策，行动时统一制定计划、统一划分区域、统一协同方式。

　　在特种作战的指挥方式上，台军又强调集中指挥与分散行动相结合。在台军的16支特种部队中，3支“甲种特勤队”由“国防部”作战参谋次长室直接指导，必须有“国防部”的命令才可出动；海陆空军的“乙种特战单位”则由本军种指挥。台军认为，特种作战的战场环境、作战对手、任务性质、作战目的、作战手段和方式都很特殊，政治性强、影响面大，因此，特种部队的使用和特种作战的目标、时机、手段等重大问题，应由最高当局和军队高层亲自筹划，由较高的指挥层次集中指挥并控制作战进程。

　　同时，由于特种作战有很大的偶然性和突变性，台军又强调灵活指挥，针对战场情况的变化、围绕总的作战意图，灵活运用各种作战手段、达成作战目的。特种分队可以根据战场态势修正原方案，机断行事、灵活多变、果断指挥、默契配合，从而取得特种作战的胜利。特别是随着信息技术的发展，作战对手(如恐怖分子)的武器装备会更先进，以“特”反“特”的能力会更强，将增加特种部队作战行动的难度。在这种情况下，特种作战中的灵活应变指挥显得尤为重要。 张建都