9月11日，第3舰队司令哈尔西上将乘坐“新泽西”号战列舰在4艘驱逐舰的护卫下从珍珠港到达菲律宾以东海域，与第38特混舰队会合，随即直接指挥对菲律宾中部地区的空中打击。

　　9月12日和13日，美军以平均每天1200架次的密度对菲律宾中部日军机场进行空袭。

　　9月14日美军除对菲律宾中部日军机场继续进行空袭外，还分出部分兵力空袭了菲律宾南部的机场，并出动了一支水面舰艇编队对圣阿古斯丁地区进行了舰炮轰击。

　　美军在这几天的行动中共击毁日机224架，击沉军舰13艘、运输船11艘，并对菲律宾地区的日军机场 设施造成了巨大破坏，严重削弱了日军在该地区的航空力量。美军损失只有9架飞机。

　　早在9月12日，也就是开始攻击菲律宾中部地区的当天，哈尔西就凭借其敏锐的军事观察力，察觉出日军在该地区的防御极其薄弱。立即向尼米兹建议取消原定在塔劳群岛、帛琉群岛、雅浦岛和棉兰老岛的登陆，直接在莱特岛登陆。尼米兹基本同意这一建议，但他认为佩勒琉岛上的机场和附近的科索尔水道对进攻莱特岛具有无可替代的作用，因此坚持进攻佩勒琉岛。并将哈尔西的建议和他自己的意见上报参谋长联席会议。美国陆军参谋总长马歇尔就这一建议征询麦克阿瑟的意见，由于麦克阿瑟正乘坐“纳什维尔”号巡洋舰前往摩罗泰岛的途中，因为保持无线电沉默而无法复电回答，由在霍兰第亚的参谋长萨瑟兰中将以他的名义答复，可以取消部分过渡性作战，尽快发动对莱特岛的进攻。参谋长联席会议随即决定取消塔劳群岛、雅浦岛和棉兰老岛的登陆，由西南太平洋战区和中太平洋战区组成联合部队，提前于10月20日发起对莱特岛的登陆作战。

　　美军西南太平洋战区的部队于1943年底就开始沿新几内亚群岛西北推进，日军判断美军将依次进攻哈马黑拉岛、达沃和菲律宾南部，便于1944年5月将精锐部队第32师团从中国战场调往哈马黑拉岛。美军根据侦察发现哈马黑拉岛是日军防御重点，守军约3万人，兵力雄厚，而且又是精锐之师，而摩罗泰岛却并未列入日军的重点防御，岛上只有观通站、后勤中继站和供其舰队使用的停泊场，原有第32师团的一个联队，因日军一再强调加强哈马黑拉岛的防御，这个联队也被调到哈马黑拉岛，摩罗泰岛上只留下四个中队，连同其他人员总共不过500余人。因此决定避强击弱，对哈马黑拉岛实行严密海空封锁，对摩罗泰岛实施登陆。

　　1944年9月上旬，麦克阿瑟与第7舰队司令金凯德海军上将一起率领由100余艘舰船组成的登陆编队，运送第31步兵师的2.8万名官兵，从新几内亚出发。

　　9月15日，登陆编队到达摩罗泰岛西南海域。哈尔西的第3舰队也到达加罗林群岛西北，以便同时支援摩罗泰岛和佩勒琉岛的登陆。美军以第3舰队和第7舰队的舰载机以及驻新几内亚岛的岸基航空兵密切协同一面封锁摩罗泰岛附近日军，一面进行航空火力准备。登陆编队中的舰炮支援大队也对摩罗泰岛进行了长达两小时的舰炮火力准备，随即登陆部队从岛南端开始登陆，日军仓皇撤入岛内的丘陵地带，在海滩几乎没有组织抵抗，这是美军在太平洋战争中所有登陆战中最顺利的一次。

　　9月17日，另有部分登陆部队从岛西南登陆，同时上岛的工程兵部队随即开始修建机场。岛上的日军进行了反击，哈马黑拉岛的日军也三次派出部队实施反登陆，但每次只有一个中队的兵力，力量太小，均未奏效。至10月上旬，美军基本肃清了岛上的日军，并修建起两个轰炸机机场和一个战斗机机场，使该岛成为美军重要的航空兵前进基地，为下一步作战创造了有利条件。

　　与摩罗泰岛顺利登陆形成天壤之别的是佩勒琉岛登陆，佩勒琉岛是帛琉群岛中的一个岛屿，帛琉群岛是由200多个火山岛和珊瑚岛组成，主要岛屿有巴伯尔土阿普岛、佩勒琉岛和安尔高岛，该群岛位于菲律宾东南，原是德国的殖民地，一次世界大战后成为日本的委任统治地，日军随即在岛上建立起海空基地，是日军在太平洋上的战略要地。特别是马里亚纳群岛失守后，更是成为日军在西太平洋防御上的突出部，战略地位尤显重要。防御该地的主力是1944年刚从中国东北调来的第14师团1.9万人，还有第4、第9派遣队和海上第1机动旅团等5000余人的海军部队，以及约1.4万人的工程兵部队，总计3.8万人，由第14师团长井上贞卫中将统一指挥，其中巴伯尔土阿普岛守军约2.6万人，佩勒琉岛守军约1万人，安尔高岛守军约1600人。虽然日军清楚地意识到帛琉群岛的重要价值，但海军舰艇部队损失惨重已无力向该群岛提供支援，航空兵的支援也极其有限，防御只能依靠当地的守备部队。

　　美军进攻帛琉群岛的地面部队，是曾在瓜岛建立过辉煌战绩的海军陆战队第1师和陆军第81步兵师，共4.2万人。与第3舰队的登陆舰艇编成登陆编队，8月下旬在瓜岛海域进行了临战演习，由威尔金森海军中将指挥于9月初从所罗门群岛出发，9月12日抵达佩勒琉岛海域。登陆编队中的舰炮火力支援大队和护航航母大队对佩勒琉岛和安尔高岛的登陆地点实施了三天的猛烈火力准备，摧毁了滩头绝大部分障碍物和海滩附近的防御设施，同时，扫雷队和水下爆破队清除了巴伯尔土阿普岛以北的科索尔水道、佩勒琉岛和安尔高岛登陆地域的水雷和水下障碍物，为登陆部队开辟了航道。

　　9月15日清晨，陆战1师在舰炮和舰载机火力支援下，开始在佩勒琉岛登陆。日军防御该岛的主力部队是第14师团之第2联队，守备部队由第2联队长中川州男大佐统一指挥。中川采取纵深防御战术，在海滩只部署了少数部队，以迟滞美军的登陆。主力则部署在美军舰炮射程之外的纵深地区，以避免美军舰炮火力的杀伤，依托有利地形构筑了大量坚固阵地，并将主要兵力留作预备队，准备在适当时机实施反击。

　　美军在突击上岸时，虽然受到了一些抵抗，但很快就控制了滩头，建立起登陆场。在随后向纵深推进的战斗中，却遇到了日军的顽强抵抗，日军的防御阵地都利用天然岩洞或精心构筑的坑道，这些岩洞和坑道非常坚固，而且相互贯通，可以相互支援。美军的舰炮和飞机对这些阵地都无能为力，只能用火箭筒、炸药包和喷火坦克逐一将其消灭，因此进展非常缓慢，而且伤亡惨重。美军于10月12日宣布佩勒琉岛的战斗结束，但岛上的战斗仍在激烈进行，小股日军不断从岩洞里出来进行反击，佩勒琉岛的战斗一直到1945年2月才算基本结束。

　　安高尔岛位于佩勒琉岛西南六海里，岛上地形平坦，适于修建机场；乌利西群岛在佩勒琉岛东北三百海里，拥有可以停泊大批舰船的深水锚地，上述两岛由第81师负责占领。

　　9月15日81师到达帛琉群岛海域后，没有立即实施登陆。这是因为威尔金森担心佩勒琉岛战斗可以有困难，将其作为留船预备队，准备加入佩勒琉岛作战。至16日，虽然佩勒琉岛上的战斗并不顺利，但该岛面积狭小，不便展开更多的部队，因此威尔金森决定81师于17日发起对安高尔岛的登陆。

　　安高尔岛的日军为第59步兵联队第1大队，约1600人。经过美军连日的舰炮射击和飞机轰炸，日军的防御设施已经遭受了一定的损失。当美军81师第321团和322团从东、北两面发起登陆后，日军进行了反击，白白损失了有生力量，没有任何效果。日军残部退往岛西北角的岩洞，继续抵抗。美军于20日基本占领全岛，但肃清残敌的战斗一直持续到10月下旬。

　　81师323团则前往乌利西群岛，该群岛日军没有设防，323团于23日兵不血刃占领该岛。

　　当81师夺取了这两岛后，于23日以321团增援佩勒琉岛。

　　佩勒琉岛和安高尔岛的战斗仍在进行中，美军就已经开始了修建机场的工作。9月18日，佩勒琉岛上的机场就已经投入使用，可供美军在战斗中负伤的飞机紧急着陆。10月1日，机场基本竣工，成为陆战队第11航空大队的前进机场。安高尔岛上的机场于10月15日完工，开始进驻B—24重轰炸机。

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