1月24日，日军又在巴厘巴板登陆，三天后攻占机场和巴厘巴板城。

　　日军对马辰的攻击采取的是海陆夹击，2月10日海上攻击的部队登陆，陆上进攻的部队经过九天的急行军也同时发起攻击，两路夹击迅速攻占马林机场和马辰。

　　东路日军以东方支队（即第38师团一部）和海军陆战队组成，东方支队于1月31日和2 月20日攻占安汶和帝汶，海军陆战队于1月11日、24日、2月9日和19日接连攻占万鸦老、肯达里、望加锡和巴厘。

　　至此，爪哇岛东、北、西三面要地都被日军攻占，第一阶段作战宣告结束。

　　第二阶段作战，从3月1日开始，日军第2师团和16军直属部队在孔雀港和万丹湾登陆，第38师团的东海林支队在坎丹奥登陆，第48师团和坂口支队在克拉甘登陆，三面夹攻爪哇岛的盟军。

　　东海林支队于登陆当天就迅速攻占加里茶机场，并切断雅加达和万隆之间的交通。

　　第2师团5日攻占雅加达，6日攻占茂物，9日占领万隆。

　　第48师团于8日占领泗水港，同日坂口支队占领芝加扎，彻底切断守军撤向澳大利亚的退路。

　　3月9日，爪哇岛盟军余部投降。

　　此役，日军俘虏荷印军和美澳军约8万人，缴获飞机177架，夺取了170万吨的石油，并得到了破坏不很严重的油田设施，为其战略进攻提供了急需的石油。

　　在印尼登陆作战期间，还发生过望加锡海战、巴塘海战和爪哇海战，同盟国损失巡洋舰5艘、驱逐舰7艘，日军仅有运输船4艘、扫雷舰1艘和巡逻艇1艘被击沉。

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