在远东国际军事法庭的审判进行中，最沉重、也是最震撼人们心灵的一幕发生在对“南京大屠杀”审理的时刻。人们需要弄明白：

　　那场骇人听闻的大屠杀究竟发生过没有？为什么在南京大屠杀发生后日本当局要极力掩盖事实真相？他们害怕什么？在中国南京被攻陷前后究竟都发生了什么？

　　1946年9月，为了弄清南京大屠杀事件的真相，远东国际军事法庭对此设立了一个独立的单元进行法庭调查。

　　美国检察官萨顿首先主持讯问。他在开场词中说：“南京，在一场违反国际法和全部战争法规的军事侵略中沦陷了，被洗 劫、炸毁和烧光了。”

　　第一个在法庭作证的，是当时在南京大学医院工作的美籍医生罗伯特·威尔逊。在许多中外同事逃离南京避难的时候，威尔逊留了下来。

	日军迅速占领了中国华北的大部分地区

　　就在他的医院里，不断有被日本兵刺伤、砍伤、烧伤和强奸或者死里逃生的人被送来，这个拥有180张床位的医院始终爆满，从12月13日开始，在六、七个星期里日本军队一直在屠杀中国人。

　　3个死里逃生的中国证人出现在法庭上，他们是南京居民尚德义、伍长德、陈福宝。

　　这些幸存者在法庭上的证词惊心动魄，给所有在场的人留下了不可磨灭的印象。尚德义与伍长德、陈福宝的证言得到远东国际军事法庭的重视和很高的评价。

　　中国检察官向哲浚向法庭提供了包括中国和美国人在内的13人证词。

　　曾经到南京等地实地调查的美军上校托马斯·莫罗检察官向法庭提供了8件证据确凿的宣誓证词。

　　远东国际军事法庭得到了一份十分珍贵影像资料，作为物证当庭放映。这是一部16毫米老式电影摄影机拍摄下来的历史胶片，画面记录的是日军进入南京的情景，也是迄今为止有关南京大屠杀的珍贵影像资料。拍摄这些画面的人，是美国牧师约翰·马基。

　　1938年5月16日出版的美国《生活》杂志率先刊登了约翰·马基由电影胶片冲制的南京大屠杀照片，令世界为之震惊。

	松井石根

　　1946年10月，约翰·马基牧师出现在东京法庭的证人席上。

　　检察官：1937年12月到1938年2月你在南京吗？

　　约翰·马基：“是的。”

　　检察官：“日军1937年12月13日占领南京之后是怎样对待中国老百姓的？”

　　约翰·马基：他们立即采用各种各样的途径进行屠杀，通常由个别日本士兵进行的，但在那里很快就出现了大规模的屠杀，有数百人是刺刀捅死的，有个妇女诉说日本士兵将她的丈夫捆缚后，就在她的眼前扔到水池里而被杀死的，她什么也做不了，他就在她的眼前被淹死的……

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