海军特种作战部队是海军专门用于执行非正规作战任务的精锐部队，由海军特种作战司令部指挥。该司令部组建于1988年，下辖2个特种作战大队、2个轻型攻击直升机中队和5个特种作战小队。

　　特种作战大队，是海军特种作战部队的最高编成单位。海军现役特种作战部队编有第工和第2两个特种作战大队，分别配属大西洋舰队和太平洋舰队，由两洋舰队或其所在的联合 司令部实施作战指挥。2个特种作战大队下辖7个“海豹”小队、2个“海豹”潜艇输送小队和2个特种舟艇中队。

　　“海豹”小队是组织实施作战的基本单位。其战时的主要任务是深入敌沿海地区和后方进行战术侦察、袭击、破坏和控制敌要害目标。目前，美海军特种作战部队共有7个“海豹”小队。其中，第1、3、5小队编人第1海军特种作战大队；第2、4、8小队编人第2海军特种作战大队；另外还有1个1980年组建的。专门用于反恐怖的第6小队。该小队虽然行政上由第1特种作战大队代管，但只接受参联会和国家指挥当局的命令。“海豹”小队下辖10个“海豹”排和1个支援组。“海豹”排由2个8人班编成，即每班编1名军官、7名士兵。班通常还细分为2个4人火力组或4个2人小组。支援组由大约20名非“海豹”人员编成，他们当中有报务员、弹药专家、潜水员和文书士官等。

　　“海豹”潜艇输送小队是受过特种训练、专门使用小型水下运输工具隐蔽输送“海豹”队员的小分队，主要担负向作战地区输送特种作战人员和武器装备的任务。目前美国海军特种作战部队拥有2个“海豹”潜艇输送小队，分别编在两洋舰队的第1和第2海军特种作战大队。

　　特种舟艇中队是受过特种训练、专门使用水面舟艇隐蔽运送“海豹”队员遂行任务的水上小分队。美海军现有2个中队，也分别编在两洋舰队的2个特种作战大队内。特种舟艇中队由3～4个舟艇小队编成。

　　轻型攻击直升机中队，是专门负责从空中向“海豹”小队提供各种支援的航空分队。美海军现编有2个中队：第4中队(代号“红狼”)驻诺福克；第5中队(代号“火鹰”)驻科罗拉多。各中队的主要装备是HH—60H直升机。每架直升机可搭载8名全副武装的“海豹”队员，并以攀登绳梯、伞降等方式隐蔽投送他们遂行特种作战任务或将他们撤出任务区。

　　特种作战小队，是能对地区危机作出迅速反应的部署在前沿地区的“海豹”小队。美海军现编有5个特种作战小队：第1小队驻关岛，隶属于太平洋美军总部；第2、6小队分别驻苏格兰和西班牙，负责支援驻欧美军司令部；第3、8小队分别驻波多黎哥和巴拿马的罗德曼海军站，隶属；美军南方司令部。此外，第8小队还担负有支援本地区缉毒行动的任务。