据香港中通社消息，据台“行政院”主计处公布，金马与大陆地区“小三通”自二○○一年首航到二○○五年六月为止，进出金门港与福澳港的“小三通”船舶总计已达一万五千艘次，其中台湾船舶占百分之四十四点三，大陆船舶占百分之五十四点五。台湾著重旅客运输服务功能，但大陆偏重于原物料输出。

　　主计处表示，金马地区“小三通”已经四年，货物装卸累计二百三十万公吨，其中 自大陆进入台湾港口货物计有二百二十九万八千公吨，占百分之九十九点九，主要是大陆输出砂石及建材等原物料。至于使用“小三通”旅客共计九十五万一千人次，其中有百分之九十四为台湾旅客。

　　至于使用“小三通”的大陆同胞中，有过半数是以学术、宗教、商业交流名义申请进入金马地区，另有百分之二十四为大陆配偶探亲、团聚、延期加签，其余才是前往金马观光旅游的人士。不过，主计处声称，大陆同胞赴台占百分之零点二，入境后脱队或逾期停留等，目前还有三十三人行踪不明。