布什政府在导弹防御上处于进退两难的困境，即是优先发展"国家导弹防御"(NMD)系统还是"战区导弹防御"(TMD)系统，是审慎研制NMD还是快速推向部署系统。

　　布什政府已表示将用范围更大的、多层NMD系统来替换当前谋求的陆基系统。随着新方案的逐渐阐明，布什政府不得不面临一个严酷的现实，就是研制任何系统将花费比以前许诺的更长的时间。一份关于美国防部重大项目的最新年度报告指出，当前的陆基系统及其海基备选方案都不可能在2005年准备好，报告还提出要对NMD系统进行更严格和更逼真的试验，以确保其功能。

　　同时，五角大楼高层官员们逐渐开始担心关于NMD的争论会给TMD需求蒙上阴影，他们指出战区导弹威胁虽然存在，但北朝鲜和伊朗等国研制的能威胁美国的弹道导弹还是几年后的事。随着战区系统接近研制完成，一些军事官员已表示担心TMD的部署可能会受NMD计划的影响。

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