自卫队成立时模仿美军的“参谋首长联席会议”设立“统合幕僚会议”的组织，规定统合幕僚会议的议长是日本自卫队最高阶的军官，但日本的文官体系担心统合幕僚会议议长指挥陆海空三自卫队的权限过于强大，因此将其权限限制于只能协调三自卫队。防卫厅的文人领导制度源于自卫队的前身─警察预备队成立时，由当时占领日本的盟军最高司令官麦帅引进，后来警察预备队改组为保安厅乃至一九五四年防卫厅、自卫队成立时，一直沿守此一制度。在作战指挥的系统上，日本是首相→防卫厅长官→陆海空自卫队，统合幕僚会议议长不在指挥系统之内。日本防卫厅长官在作战、编组、装备、训练等军事问题直接征询厅内各局长，其国防体系在世界上独树一帜。

　　70年代，日本政府曾有意将防卫厅升格为“国防省”，但当时各在野党认为会引起周边国家认为日本有重整军备成为军事大国的疑虑而强烈反对。而今年五月间，原位于东京六本木的防卫厅本部搬迁至市谷台的新厅区，防卫厅的新厅区规模已成为日本中央各部会中最大、最壮观者，因此日本国内防卫厅升格议论再起。日本明年将对中央部会的架构进行修改，而在既有的廿余个中央部会改组为“一府十二省厅”的架构后，仍维持“厅”层级的只有防卫厅，而于世界各国中，掌管国防的部会不是中央的一级单位只有日本，因此防卫厅升格的话题再被提起。

　　防卫厅新厅区由五栋主要大楼及其附属建筑构成，五栋主楼中的A楼为十九层的建筑，是防卫厅的中枢，防卫厅长官室、统合幕僚会议(相当于联合参谋本部)、陆海空各自卫队的幕僚监部(相当于各军种的参谋总部)等都在其中，屋顶有两座直升机场，地下室则为战事发生时的司令部“中央指挥所”。B栋则为自卫队通讯网的中枢，有海拔二百五十公尺高的通讯塔。

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